Großangelegte Proteomik in populationsbasierten Studien aus Großbritannien und Island

REYKJAVIK, Island, 4. Oktober 2023In einem heute veröffentlichten Artikel teilten Wissenschaftler von deCODE Genetics ihre Erkenntnisse aus einer Plasmaproteomik-Studie mit, die mit affinitätsbasierten Methoden durchgeführt wurde. Sie analysierten die Proteine im Kontext von Krankheiten und Vielfalt in der Sequenz des Genoms und verglichen Messungen, die mit zwei Plattformen von Tausenden von Proteinen in Proben aus großen Gruppen aus dem UK Biobank und Island durchgeführt wurden.

Kari Stefansson, Grimur Hjorleifsson und Patrick Sulem, Wissenschaftler bei deCODE genetics und Autoren des Artikels.

Kari Stefansson, Grimur Hjorleifsson und Patrick Sulem, Wissenschaftler bei deCODE genetics und Autoren des Artikels.

In einem heute in Nature veröffentlichten Artikel zeigten Wissenschaftler von deCODE Genetics, einer Tochtergesellschaft des Pharmaunternehmens Amgen, wie die Plasmaproteomik zu einem besseren Verständnis von Krankheiten beitragen kann. Der Fokus der Studie auf das Plasmaproteom führte das Team zu Assoziationen zwischen verschiedenen Krankheiten und den Spiegeln bestimmter Proteine. „Die Messung einer großen Anzahl von Proteinen in einer populationsbasierten Kohorte ermöglicht die Entdeckung zirkulierender Biomarker und die Früherkennung von Krankheiten“, sagt Patrick Sulem, Wissenschaftler bei deCODE genetics und einer der leitenden Autoren des Artikels.

Darüber hinaus nutzten die Wissenschaftler genetische Faktoren, die die Proteinkonzentrationen beeinflussen, um die biologischen Verbindungen zwischen Sequenzvariantenassoziationen und der Pathogenese des Auftretens von Krankheiten zu beleuchten. „Die biologische Beziehung zwischen einer Assoziation einer Sequenzvariante mit einer Krankheit kann oft schwer fassbar sein. Die Einbeziehung der Proteo-Genomik in die Analyse kann die molekularen Mechanismen der Krankheitsentwicklung aufdecken“, sagt Kári Stefánsson, Wissenschaftler bei deCODE genetics.

Die Wissenschaftler analysierten Daten von etwa 50.000 Personen europäischer, afrikanischer und asiatischer Abstammung aus der UK Biobank unter Verwendung von 2.941 Immunoassays auf der Olink Explore-Plattform. Die Daten wurden vom UK Biobank Pharma Proteomics Project (UKB-PPP) generiert, einem Konsortium von dreizehn biopharmazeutischen Unternehmen, darunter Amgen, das zirkulierende Proteinbiomarker untersucht. Die Autoren verglichen diese Ergebnisse mit einer früheren Studie, bei der sie Daten von rund 40.000 Isländern analysierten, die 4.907 aptamerbasierte Assays auf der SomaScan-Plattform verwendeten. Insgesamt identifizierten sie über 80.000 Assoziationen zwischen Sequenzvarianten und Proteinkonzentrationen und über 500.000 Assoziationen von Krankheiten und anderen Merkmalen mit Proteinkonzentrationen.

Die Wissenschaftler beobachteten Diskrepanzen in den Messungen der Proteinkonzentrationen, als eine Teilmenge der Proben mit beiden Plattformen untersucht wurde. Diese Unterschiede zwischen den Plattformen beeinträchtigten die Entdeckung zirkulierender Krankheitsbiomarker und die Entdeckung genetischer Faktoren, die sowohl die Proteinkonzentrationen als auch die Krankheitsmanifestation gleichzeitig beeinflussen. Durch die Untersuchung großer Kohorten in Island und dem Vereinigten Königreich konnte eine erhebliche Anzahl von Assoziationen entdeckt werden, was den Vergleich aussagekräftig machte. Die Autoren betonten den Wert der Validierung einzelner Assays von Fall zu Fall.

„Obwohl diese beiden Proteomik-Plattformen nützliche Instrumente für den gleichzeitigen Test von Tausenden von Proteinen in großen Datensätzen sind, ist eine sorgfältige Validierung für einzelne Proteine erforderlich“, sagt Kári Stefánsson, CEO von deCODE genetics und einer der leitenden Autoren des Artikels.

Mit Sitz in Reykjavik, Island, ist deCODE weltweit führend bei der Analyse und dem Verständnis des menschlichen Genoms. Mit seiner einzigartigen Expertise und Ressourcen hat deCODE genetische Risikofaktoren für Dutzende von Volkskrankheiten entdeckt. Der Zweck des Verständnisses der Genetik von Krankheiten ist es, diese Informationen zu nutzen, um neue Mittel zur Diagnose, Behandlung und Vorbeugung von Krankheiten zu schaffen. deCODE ist eine hundertprozentige Tochtergesellschaft von Amgen (NASDAQ: AMGN).